Реформы в области реорганизации государственного устройства включали: министерскую и реформу Сената. В 1802 г. издается указ о правах Сената. Сенат объявлялся верховным органом империи, обладающим высшей административной, судебной и контролирующей властью. Однако попытки расширить права Сената по наблюдению за законностью оказались в противоречии с единодержавным монархическим началом. Поэтому Сенат стал лишь высшим судебным органом империи. В 1802 г. вышел Манифест о замене петровских коллегий министерствами. Началось проведение министерской реформы (1802-1811 гг.), ставшей важнейшей в области государственного управления. Введение первых министерств (военного, морского, финансов, народного просвещения, иностранных и внутренних дел, юстиции, коммерции, императорского двора и уделов) завершило процесс четкого разграничения функций органов исполнительной власти, сменило коллегиальность в управлении на единовластие. Это привело к дальнейшей централизации государственного аппарата, к быстрому росту прослойки бюрократов - чиновников, всецело зависящих от милости царя. Подчинение министров императору способствовало укреплению абсолютизма. Таким образом, введение министерств было осуществлено в интересах самодержавной власти. Для координации деятельности министерств учреждался Комитет министров. Первоначально структура и функции министерств не были четко определены (это сделано только в 1811 г., в разработанном М.М. Сперанским документе, под названием "Об учреждении министерств"). К этому времени число министерств увеличилось до 12 (упразднили министерство коммерции, создали министерство полиции и приравненные к министерствам Государственное казначейство и Главное управление путей сообщения). Министры вводились в состав Сената. Функции, структура, принципы организации и общий порядок прохождения дел в министерствах четко разграничивались. На должности министров получали назначение как представители старшего поколения, так и " молодые друзья" царя, что выражало политическое единство дворянских кругов. Кабинет Министров координировал деятельность министерств и обсуждал общие проблемы.
Новые проекты реформ государственного управления были представлены крупным государственным деятелем - либералом М.М. Сперанским, который с 1807 г. стал главным советником царя по всем делам управления и законодательства. Идеалом Сперанского была конституционная монархия. В 1808 г. царь поручил ему руководство комиссией по составлению законов. В 1809 г. М.М. Сперанский представил Александру проект государственных преобразований, предусматривавший поэтапный переход к конституционной монархии ("Введение к Уложению государственных законов"). Предлагал создать выборную Государственную думу с правом обсуждения законодательных проектов, ввести выборные судебные инстанции и создать Государственный совет (как связующее звено между императором и органами центрального и местного управления). Несмотря на то, что Сперанский не затрагивал социальных проблем и не касался основ крепостного строя, его проект имел прогрессивное значение, так как способствовал началу конституционного процесса в России и сближению ее государственного строя с западноевропейскими политическими системами. Однако этому не суждено было сбыться. Вся крепостническая Россия выступила против либеральных преобразований. Рупором недовольства дворян стал известный писатель- историк Н. М. Карамзин (с запиской-письмом " О старой и новой России"). Он критиковал либеральные мероприятия правительства, требовал отказа от радикальных реформ, настаивал на сохранении самодержавия и крепостнических порядков. Царь, одобривший план М. Сперанского, не решился на его осуществление. Единственным результатом задуманных реформ стало учреждение Государственного совета (в 1810 гг.), которому были приданы совещательные функции при разработке важнейших законов. 17 марта 1812 г. Сперанский был уволен со службы, обвинён в предательстве и выслан в Нижний Новгород под надзор полиции. Таким образом, император завершил попытки проведения глобальных реформ. После Отечественной войны 1812 г. в связи с усилением реакционной тенденции в политике Александра I вопрос о дальнейших реформах в области государственного управления не ставился.