К моменту смерти Ивана Грозного в живых оставались двое его сыновей: Федор и Дмитрий. Старший сын Федор не был способен самостоятельно править государством, но именно он был провозглашен новым царем (1584 - 1598). Младшему - Дмитрию - в качестве удела был предоставлен город Углич. В первые годы правления Федора Ивановича среди бояр разгорелась острая борьба за власть. В конечном итоге победу в ней одержал Борис Годунов, происходивший из старинного рода костромских вотчинников. Боярский чин Борис получил еще при Иване Грозном, благодаря браку своей сестры Ирины с царевичем Федором. Теперь же Ирина стала царицей и сам Годунов являлся царским шурином. Федор очень любил свою супругу, несмотря на то, что у них не было детей. Противники Бориса рассчитывали воспользоваться отсутствием детей в царской семье для свержения Годунова, предложив Федору отправить Ирину в монастырь, а самому вступить в другой брак (по примеру деда - Василия III). Однако Федор категорически отказался последовать этим советам, заговорщики были отправлены в ссылку и положение Бориса Годунова как реального правителя государства только укрепилось.
Годунову удалось добиться того, чтобы главой Русской церкви стал его ставленник Иов, неизменно поддерживавший Бориса во всех его начинаниях. В 1589 г. русскому правительству во главе с Годуновым удалось добиться установления в России патриаршества. Однако положение правителя не было прочным - ведь у Федора Ивановича не было детей и в случае его смерти престол должен был перейти царевичу Дмитрию. В 1591 г. в Угличе царевич неожиданно погиб. Сразу же поползли слухи о том, что младший сын Грозного был убит по приказу Годунова. Специальная комиссия, присланная из Москвы, сделала другие выводы: царевич страдал эпилепсией и очередной припадок застал его во время игры с ножом. Во время этого припадка Дмитрий и погиб.
Таким образом, после смерти царевича из всех членов московской династии в живых остался лишь один - сам царь Федор Иванович. После его смерти в 1598 г. встал вопрос о том, кто должен стать новым царем. Первоначально население принесло присягу вдове Федора - Ирине Годуновой, но она через несколько дней объявила о желании уйти в монастырь. Тогда был собран Земский собор, который избрал на престол Бориса Годунова. К власти в России пришла новая династия.